Una vez vistos, y justificados los pasos del método hipotético deductivo simple, esbocemos a espejo suyo los pasos que debe tener un protocolo investigación a los efectos de estar correctamente formulado, y luego cómo debe ser descripto -en un artículo- la experiencia. Los pasos son los siguientes:
El primer punto, Problema, debe discutir y aclarar el problema que se intenta solucionar. El segundo, Hipótesis, cuál es la solución que se ofrece. Ninguno de estos difiere en terminología a los que mencionamos antes con la jerga epistemológica. El tercero, Resultados esperados, es lo que antes llamamos Consecuencias observacionales. En cuanto al último punto, Discusión, es el comentario acerca de cómo los resultados afectan a la hipótesis, si la corroboran o la descartan, y en qué medida nos hace ir a nuevas investigaciones, por haber descubierto en el transcurso nuevos problemas. Como se ve, este esquema que puede ser conocido para el lector, no es un capricho o una costumbre de los investigadores, sino que tiene su origen en la filosofía de la ciencia de Karl Popper -quien publica su texto La lógica de la investigación científica en 1934-, y dentro de la tradición médica, en los escritos metodológicos de Claude Bernard. Es poco sabido que el método hipotético-deductivo fue presentado por este autor, utilizando incluso las mismas palabras que Popper para describir sus pasos -hipótesis, problema, intuición, experimento, refutación pero no verificación-, casi 70 años antes -de 1865 es su Introducción al método de la medicina experimental-. Cuando alrededor de 30 años después de haber publicado su libro le hacen notar a Popper en apenas un tercio de página el uso de la palabra hipótesis por parte de Claude Bernard, responde que no lo sabía, no conocía este antecesor suyo. Por supuesto, no hay completa identidad entre ambos autores. Claude Bernard no conoce los argumentos lógicos que son la base de la justificación popperiana del método -mucho más complejos y completos de lo que hemos mencionado, ni tiene que polemizar con el neo-positivismo. Desconocido por los filósofos, los escritos de Claude Bernard fueron conocidos por todos los fisiólogos e investigadores médicos del mundo, incluyendo a Freud en su etapa de neurofisiólogo, o a Bernardo Houssay, quien lo difundía entre sus discípulos. No es todo lo que tenemos que decir sobre el protocolo de investigación, y la escritura de un artículo científico. Sin embargo, este esquema muy simple será enriquecido en la medida en que avancemos en las distintas metodologías.
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